Не, навряд ли это идёт через AVS. Думаю, это просто скармливается с командной строки напрямую pmp_muxer_avc.exe.
К сожалению, лично мне при кодировке вручную (не через XviD4PSP) до сих пор не удаётся добиться правильной синхронизации аудио-видео во всех случаях, поэтому я не буду рассказывать процесс...
В то же время с mp3-дорожками у меня всегда полный порядок, посему расписать процесс для mp3 я могу.