Kilych, у вас на кастоме должен стоять в первую очередь файловый менеджер и FTP-клиент.
Файловый менеджер - это обычно multiMan, который позволяет вам производить операции с папками и файлами, там копирование, перемещение, удаление.
А FTP-клиент - это программа на компе, типа бесплатная FileZilla, либо платная FlashFXP, которая для кастомщиков бесплатная.
С помощью этих программ вы можете на плойке создавать папки и копировать файлы куда угодно.
Пользуйтесь поиском по теме или по форуму, надеюсь сможете найти что я для вас выделил жирным.