по поводу скорости - можно попытаться изменить приоритет . Раньше это можно было зделать прямо из программы, в пятой версии только выбрать между низким и средним. Но можно через диспетчер задачь, процесс х264, выставить ему приоритет реального времени, все равно компом во время кодирования лучьше не пользоваться.
Все-таки, как сделать несколько звуковых дорожек?