Не слетит, ведь по факту, на флешке находится не сама прошивка, а только её установщик/активатор. И если флешку форматировать, то и установщик нужно будет закинуть, на случай, если прошивка всё-таки слетит.
Хотя странно, что компьютер требует форматирования. Обычно нужна только проверка на ошибки.