Hashbolt, да никто не говорит, что нельзя держать папку или программу на рабочем столе. Просто рабочий стол - это большой экран. У юзеров обычно он засран всяким хламом и вновь созданный PKG-файл можно не заметить. А так, упакованный файл, должен появиться там же, где и лежит программа. Во время работы программы вы её случайно не закрываете? Я имею в виду, когда открывается чёрное окно консоли и там бегут строчки, саму программу закрывать нельзя. Ну и потом, скопировали бы сюда послкдние строчки, что написано в консоли, там обычно пишется путь, когда готов PKG? куда он сохранился.
Какая версия PS3GameExtractor, как указано в шапке?