Столкнулся с похожей проблемой. Перестали запускаться и ISO и даже лицензионные диски. что ни запускай все одно - "ошибка диск не может быть запущен"
переустановка CFW и сброс настроек не помогли.
Отформатировал HDD. по крайней мере с диска все запускаться начало.
для пробы вместо WebMAN поставил ManaGunZ. ISO тоже начали запускаться.
игры PS2 и PS1 не проверял, но надеюсь проблем тоже не будет.