Блин, немного озадачил, ибо я как раз mencoder отложил из-за каких-то неудобств...
Но что-то в этом роде:
	mencoder.exe -oac copy -ovc copy -o output.avi -audiofile input.mp3 input.avi
 
Хотя, когда я кодил в AVI=XviD+MP3, мне почему-то больше нравилось использовать отдельные  программки: 
xvid_encraw.exe, 
BeSweet.exe, 
gogo.exe, 
mp3gain.exe, 
riffmp3.exe и 
avimux.exe, нежели 
mencoder.exe... Почему - уже не помню, помню только, что как-то быстрее и надёжнее удалось получить необходимый мне результат.
Кстати, если это ты для телефона стараешься, то сообщаю, что с менкодером баловался как раз кодируя для своей старой Моторолы... так вот, ИМХО, с контейнером MP4 тормозов было меньше, чем с AVI