После каждого сектора (512 байт) идёт 16 байт контрольной суммы этого сектора, потом идёт опять сектор 512 байт и за ним 16 байт контролки.
И так каждый сектор имеет контрольную сумму, по типу MD5/CHA1/CRC.
Если в определённом секторе сменить MSID, то уже контрольная сумма этого сектора не совпадает.
Чтобы опять совпадало, требуется после смены ID подсчитать новую контрольную сумму. Но мы пока не знаем алгоритм подсчёта, это знает сам контроллёр. Хотя в программе у софт-центра прилагаются файлики подсчёта контролок к определённым видам контроллёров, но у нас их нет. Вероятно можно найти в инете эти самые алгоритмы. Они у каждого контроллёра свои.
Если интересно, каким образом идёт подсчёт контрольных сумм, можно ознакомиться с работой программы
Flow Rebuilder 3.50 with ECC Gen
Она умеет упорядочивать блоки по порядку из правленного дампа нанда PS3, затем просчитывать контролки для каждого сектора.